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La Unión Europea tiene un régimen unificado de entrada al continente. Si tenés el permiso para entrar a Países Bajos entonces no vas a tener problemas en España. Menos aún si no salís del aeropuerto, ya que te mantenés en el área de migraciones.

Saludos

Si tienes la visa para los Países Bajos, tienes con ese también visa para todo el espacio Schengen (Alemania, Países Bajos, Belga, Luxemburgo, Francia, España....). El Control de pasaporte será en el primer punto de aterrizaje dentro de esa zona, igual si es Madrid, Frankfurt, Luxemburgo o otro aeropuerto. Después de ese control viajas como en un país. Control de aduana para la maleta facturada será en el aeropuerto de destino.

Si quieres estar unos días en Madrid, tienes ambos controles en Madrid. Y despues viajas como dentro de un país.