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Pelo jeito é o cdi que está superaquecendo e desligando.

Pode ser algum problema de alimentação também. A sua shadow é 750 ? Se for, pode ser a injeção.

sistema elétrico com certeza.

provavelmente isso é corte de corrente, da uma olhada nos pólos da bateria, desliga ela e faz uma limpeza dos pólos com lixa, depois ligue ela novamente, provavelmente seja só isso.