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Pode ser pq o home theater faz a divisao do som em gravess. Medios e agudos para as caixas dividindo o som entre elas. Geralmente sao cinco caixas e o mini system nao consegue fazer o mesmo pois so tem duas caixas e as vezes um subwoofer. Entao os sons graves e agudos tem que sair na mesma caixa e se voce ja se acustumou com o som do mini system seria obvio vc perceber diferença do home theater. As vezes depende muitos da marca do aparelho. Pode ser que vc compre um mini system de mesma potencia masde outra marca e ter uma grande diferença na saida do som.

Concordo com o Flávio e acrescento o seguinte:

Esses home-theaters in-a-box com caixas bem pequenas (satélites) não tem um som bom, geralmente é muito agudo, e em volume alto, o som fica distorcido e agride muito os ouvidos. Som parece como se fosse seco. Enquanto o seu mini system tem duas caixas maiores que as do home (caixas satélites), o som parece mais agradável.

Eu não sei qual é o modelo do seu home theather, por isso estou falando por alto.